L'origine dell'Ospedale di Desio risale al 1813 quando la Congregazione di Carità intraprese la costruzione di un padiglione a un piano da destinare ad Ospedale Civile. I lavori si protrassero per sei anni e nel 1820 iniziarono i ricoveri. In seguito le necessità dell'ospedale aumentarono e si sentì l'esigenza di ampliare la struttura: nel 1920 si costruì l'ala nord del fabbricato centrale, e successivamente furono edificati un padiglione per bambini e un fabbricato per gli ambulatori e gli uffici.
Nel 1957 il Consiglio di Amministrazione decise di realizzare una sede completamente nuova, e nel 1963 fu nientemeno che Papa Paolo VI a benedire la prima pietra. La vecchia sede fu chiusa e i degenti furono gradualmente trasferiti nel nuovo ospedale.
La nuova costruzione copre un'area di 7.000 mq, è disposta su 9 piani più un seminterrato. Le molteplici operazioni di ammodernamento e l'acquisizione di nuovi macchinari hanno portato l'Ospedale di Desio ad essere una struttura all'avanguardia.